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 当時の文部省国際課国際協力政策室と,外務省の予算措置によって,分野別に教育国際協力を全国拠点として実施するセンターが設置されていったが,東京大学医学教育国際協力研究センターはその中で,医療系の教育国際協力を行う分野別センターとして2000年4月に発足した.東京大学医学部と独立しているという点で,他の医学教育ユニットと異なった位置づけにある.英語名は,International Research Center for Medical Education: IRCMEである.